La première étape de montagne a réservé quelques surprises sur ce 99ème Tour d’Italie. Un rythme anormalement lent a frappé le peloton avant que la course ne s’emballe a moins de cent kilomètres de l’arrivée. C’est le moment choisi par Tim Wellens pour passer à l’attaque avec un coéquipier. Parti seul dans la dernière ascension, le coureur de la Lotto Soudal a eu le temps de savourer sa victoire alors que derrière Tom Dumoulin réalisait un coup de force en distançant les autres favoris à la victoire finale. Jakob Fuglsang (Astana) a pris la deuxième place de l’étape et Ilnur Zakarin (Katusha) la troisième.
Vincenzo Nibali a tenté une première attaque dans le final avant de se faire contrer par Tom Dumoulin. Finalement, le champion d’Italie a concédé une vingtaine de secondes à l’actuel leader de l’épreuve, au même titre qu’Alejandro Valverde.
Tour d’Italie 2016 – Etape 6 – Top 20
| Rank | Name | Nat. | Team | Age | Result |
| 1 | Tim WELLENS | BEL | LTS | 25 | 4:40:05 |
| 2 | Jakob FUGLSANG | DEN | AST | 31 | +1:19 |
| 3 | Ilnur ZAKARIN | RUS | KAT | 27 | +1:19 |
| 4 | Tom DUMOULIN | NED | TGA | 26 | +1:22 |
| 5 | Kanstantsin SIUTSOU | BLR | DDD | 34 | +1:24 |
| 6 | Domenico POZZOVIVO | ITA | ALM | 34 | +1:24 |
| 7 | Jhoan Esteban CHAVES RUBIO | COL | OGE | 26 | +1:29 |
| 8 | Rigoberto URAN URAN | COL | CPT | 29 | +1:33 |
| 9 | Rafal MAJKA | POL | TNK | 27 | +1:33 |
| 10 | Alejandro VALVERDE BELMONTE | ESP | MOV | 36 | +1:36 |
| 11 | Steven KRUIJSWIJK | NED | TLJ | 29 | +1:36 |
| 12 | Sergey FIRSANOV | RUS | GAZ | 34 | +1:39 |
| 13 | Bob JUNGELS | LUX | EQS | 24 | +1:41 |
| 14 | Mikel LANDA MEANA | ESP | SKY | 27 | +1:43 |
| 15 | Ryder HESJEDAL | CAN | TFS | 36 | +1:43 |
| 16 | Igor ANTON HERNANDEZ | ESP | DDD | 33 | +1:43 |
| 17 | Vincenzo NIBALI | ITA | AST | 32 | +1:43 |
| 18 | Michele SCARPONI | ITA | AST | 37 | +1:43 |
| 19 | Diego ULISSI | ITA | LAM | 27 | +1:43 |
| 20 | Andrey AMADOR BIKKAZAKOVA | CRC | MOV | 30 | +1:43 |
Tour d’Italie 2016 – Classement général provisoire
| Rank | Name | Nat. | Team | Age | Result |
| 1 | Tom DUMOULIN | Netherlands | TGA | 26 | 24:22:15 |
| 2 | Jakob FUGLSANG | Denmark | AST | 31 | +26 |
| 3 | Ilnur ZAKARIN | Russia | KAT | 27 | +28 |
| 4 | Bob JUNGELS | Luxembourg | EQS | 24 | +35 |
| 5 | Steven KRUIJSWIJK | Netherlands | TLJ | 29 | +38 |
| 6 | Alejandro VALVERDE BELMONTE | Spain | MOV | 36 | +41 |
| 7 | Diego ULISSI | Italy | LAM | 27 | +41 |
| 8 | Jhoan Esteban CHAVES RUBIO | Colombia | OGE | 26 | +44 |
| 9 | Vincenzo NIBALI | Italy | AST | 32 | +47 |
| 10 | Kanstantsin SIUTSOU | Belarus | DDD | 34 | +49 |
| 11 | Rigoberto URAN URAN | Colombia | CPT | 29 | +51 |
| 12 | Rafal MAJKA | Poland | TNK | 27 | +56 |
| 13 | Domenico POZZOVIVO | Italy | ALM | 34 | +56 |
| 14 | Rein TAARAMAE | Estonia | KAT | 29 | +1:06 |
| 15 | Mikel LANDA MEANA | Spain | SKY | 27 | +1:08 |
| 16 | Andrey AMADOR BIKKAZAKOVA | Costa Rica | MOV | 30 | +1:11 |
| 17 | Michele SCARPONI | Italy | AST | 37 | +1:13 |
| 18 | Sergey FIRSANOV | Russia | GAZ | 34 | +1:14 |
| 19 | Nicolas ROCHE | Ireland | SKY | 32 | +1:15 |
| 20 | Stefano PIRAZZI | Italy | BAR | 29 | +1:21 |
