Les spécialistes du contre-la-montre étaient attendus sur le prologue du 6 kilomètres dans les rues de Conflans-Sainte-Honorine pour l’ouverture de ce Paris-Nice. Mais un sprinteur est venu rafler la mise ! Michael Matthews (Orica GreenEDGE), qui effectuait son retour à la compétition, a été une petite seconde plus rapide que Tom Dumoulin (Giant-Alpecin). Patrick Bevin (Cannondale), le champion de Nouvelle-Zélande du chrono, a pris la troisième place. Evidemment, Matthews a pris les rênes du classement général.
A noter le bon comportement des coureurs français avec Sylvain Chavanel (Direct Energie) et Jérôme Coppel (IAM Cycling) qui se sont respectivement classés neuvième et dixième.
Paris-Nice 2016 – Prologue – Top 20
| Rank | Name | Nat. | Team | Age | Result |
| 1 | Michael MATTHEWS | AUS | OGE | 26 | 7:39 |
| 2 | Tom DUMOULIN | NED | TGA | 26 | +1 |
| 3 | Patrick BEVIN | NZL | CPT | 25 | +2 |
| 4 | Jesus HERRADA LOPEZ | ESP | MOV | 26 | +6 |
| 5 | Jon IZAGUIRRE INSAUSTI | ESP | MOV | 27 | +6 |
| 6 | Lieuwe WESTRA | NED | AST | 34 | +7 |
| 7 | Geraint THOMAS | GBR | SKY | 30 | +7 |
| 8 | Dries DEVENYNS | BEL | IAM | 33 | +8 |
| 9 | Sylvain CHAVANEL | FRA | DEN | 37 | +9 |
| 10 | Jerome COPPEL | FRA | IAM | 30 | +9 |
| 11 | Richie PORTE | AUS | BMC | 31 | +10 |
| 12 | Fabio FELLINE | ITA | TFS | 26 | +13 |
| 13 | Tobias LUDVIGSSON | SWE | TGA | 25 | +13 |
| 14 | Wilco KELDERMAN | NED | TLJ | 25 | +13 |
| 15 | Sep VANMARCKE | BEL | TLJ | 28 | +14 |
| 16 | Gorka IZAGUIRRE INSAUSTI | ESP | MOV | 29 | +14 |
| 17 | Rafal MAJKA | POL | TNK | 27 | +14 |
| 18 | Victor CAMPENAERTS | BEL | TLJ | 25 | +14 |
| 19 | Matthias BRANDLE | AUT | IAM | 27 | +15 |
| 20 | Daryl IMPEY | RSA | OGE | 32 | +15 |
Paris-Nice 2016 – Classement général
| Rank | Name | Nat. | Team | Age* | Result |
| 1 | Michael MATTHEWS | AUS | OGE | 26 | 7:39 |
| 2 | Tom DUMOULIN | NED | TGA | 26 | +1 |
| 3 | Patrick BEVIN | NZL | CPT | 25 | +2 |
| 4 | Jesus HERRADA LOPEZ | ESP | MOV | 26 | +6 |
| 5 | Jon IZAGUIRRE INSAUSTI | ESP | MOV | 27 | +6 |
| 6 | Lieuwe WESTRA | NED | AST | 34 | +7 |
| 7 | Geraint THOMAS | GBR | SKY | 30 | +7 |
| 8 | Dries DEVENYNS | BEL | IAM | 33 | +8 |
| 9 | Sylvain CHAVANEL | FRA | DEN | 37 | +9 |
| 10 | Jerome COPPEL | FRA | IAM | 30 | +9 |
| 11 | Richie PORTE | AUS | BMC | 31 | +10 |
| 12 | Fabio FELLINE | ITA | TFS | 26 | +13 |
| 13 | Tobias LUDVIGSSON | SWE | TGA | 25 | +13 |
| 14 | Wilco KELDERMAN | NED | TLJ | 25 | +13 |
| 15 | Sep VANMARCKE | BEL | TLJ | 28 | +14 |
| 16 | Gorka IZAGUIRRE INSAUSTI | ESP | MOV | 29 | +14 |
| 17 | Rafal MAJKA | POL | TNK | 27 | +14 |
| 18 | Victor CAMPENAERTS | BEL | TLJ | 25 | +14 |
| 19 | Matthias BRANDLE | AUT | IAM | 27 | +15 |
| 20 | Daryl IMPEY | RSA | OGE | 32 | +15 |
