Si Nacer Bouhanni a franchi la ligne en premier à Commentry sur Paris-Nice, le coureur de la formation Cofidis a été déclassé par les commissaires pour un sprint irrégulier au profit du leader de la course, Michael Matthews (Orica GreenEDGE). L’Australien et le Français se sont frottés dans les 20 derniers mètres et ont presque été projetés au sol. Nicolo Bonifazio, initialement troisième, a été classé deuxième tandis que Bouhanni a été relégué dernier de son groupe en troisième position du fait d’une cassure entre les trois premiers et le reste du peloton. Au général, Matthews a augmenté son avance à la veille d’une première arrivée difficile au Mont Brouilly.
Quatre hommes ont une nouvelle fois tenté leur chance. Cette fois, ce sont Tsgabu Grmay (Lampre), Matthias Brandle (IAM), Anthony Delaplace (Fortuneo) et Evaldas Siskevicius (Delko Marseille) qui se sont retrouvés à l’avant de la course dès les premiers kilomètres. Le quatuor, qui avait peu de chance de se disputer la victoire, a vu son avance compter jusqu’au dix minutes d’avance sur la plus longue étape de ce Paris-Nice qui comptait 214 kilomètres.
Ce qui était attendu est arrivé. Les équipes de sprinteurs et notamment Orica GreenEDGE, Etixx-Quick Step et Katusha ont collaboré en tête de peloton réduisant considérablement les chances de l’échappée. Le duo Siskevicius-Brandle a résisté le plus longtemps mais a été revu à 14 kilomètres de l’arrivée après plus de 200 kilomètres à l’avant de la course.
Dans les derniers kilomètres, Orica GreenEDGE a décidé d’accélérer, les Etixx-Quick Step ont alors disparu car Marcel Kittel a été piégé. Nacer Bouhanni est bien emmené par Christophe Laporte mais l’ancien champion de France a produit son effort de loin à un peu plus de 200 mètres de la ligne d’arrivée. Michael Matthews, dans sa roue, a à son tour accéléré le long des barrières mais, tassé par Bouhanni, l’Australien n’a pu franchir la ligne en tête. Après délibération des commissaires, le coureur de la Cofidis est déclassé, Michael Matthews a donc remporté sa deuxième étape en trois jours.
Paris-Nice 2016 – 2ème étape – Top 20
| Rank | Name | Nat. | Team | Age* | Result |
| 1 | Michael MATTHEWS | AUS | OGE | 26 | 5:04:26 |
| 2 | Niccolo BONIFAZIO | ITA | TFS | 23 | |
| 3 | Nacer BOUHANNI | FRA | COF | 26 | |
| 4 | Alexander KRISTOFF | NOR | KAT | 29 | +1 |
| 5 | Arnaud DEMARE | FRA | FDJ | 25 | +1 |
| 6 | Ben SWIFT | GBR | SKY | 29 | +1 |
| 7 | André GREIPEL | GER | LTS | 34 | +1 |
| 8 | Wouter WIPPERT | NED | CPT | 26 | +1 |
| 9 | Adrien PETIT | FRA | DEN | 26 | +1 |
| 10 | Jonas VANGENECHTEN | BEL | IAM | 30 | +1 |
| 11 | Marko KUMP | SLO | LAM | 28 | +1 |
| 12 | Youcef REGUIGUI | ALG | DDD | 26 | +1 |
| 13 | Jon IZAGUIRRE INSAUSTI | ESP | MOV | 27 | +1 |
| 14 | Luis Leon SANCHEZ GIL | ESP | AST | 33 | +1 |
| 15 | Tom DUMOULIN | NED | TGA | 26 | +1 |
| 16 | Tim WELLENS | BEL | LTS | 25 | +1 |
| 17 | Geraint THOMAS | GBR | SKY | 30 | +1 |
| 18 | Rafal MAJKA | POL | TNK | 27 | +1 |
| 19 | Mickael DELAGE | FRA | FDJ | 31 | +1 |
| 20 | Ruben FERNANDEZ | ESP | MOV | 25 | +1 |
Paris-Nice 2016 – Classement général
| Rank | Name | Nat. | Team | Age* | Result |
| 1 | Michael MATTHEWS | Australia | OGE | 26 | 9:41:46 |
| 2 | Tom DUMOULIN | Netherlands | TGA | 26 | +14 |
| 3 | Patrick BEVIN | New Zealand | CPT | 25 | +19 |
| 4 | Jon IZAGUIRRE INSAUSTI | Spain | MOV | 27 | +19 |
| 5 | Geraint THOMAS | Great Britain | SKY | 30 | +19 |
| 6 | Lieuwe WESTRA | Netherlands | AST | 34 | +24 |
| 7 | Dries DEVENYNS | Belgium | IAM | 33 | +25 |
| 8 | Arnaud DEMARE | France | FDJ | 25 | +25 |
| 9 | Rafal MAJKA | Poland | TNK | 27 | +27 |
| 10 | Richie PORTE | Australia | BMC | 31 | +27 |
| 11 | Tim WELLENS | Belgium | LTS | 25 | +28 |
| 12 | Wilco KELDERMAN | Netherlands | TLJ | 25 | +30 |
| 13 | Sep VANMARCKE | Belgium | TLJ | 28 | +31 |
| 14 | Gorka IZAGUIRRE INSAUSTI | Spain | MOV | 29 | +31 |
| 15 | Ruben FERNANDEZ | Spain | MOV | 25 | +31 |
| 16 | Alexey LUTSENKO | Kazakhstan | AST | 24 | +33 |
| 17 | Tony GALLOPIN | France | LTS | 28 | +33 |
| 18 | Alberto CONTADOR VELASCO | Spain | TNK | 34 | +33 |
| 19 | Simon YATES | Great Britain | OGE | 24 | +37 |
| 20 | Ignatas KONOVALOVAS | Lithuania | FDJ | 31 | +37 |
