Le 100ème Tour des Flandres s’annonçait mythique comme chaque année. Si les coureurs ont été aidés par des conditions climatiques idéales pour faire du vélo, la répétition des monts pavés a fait mal à plus d’un coureur. Et après avoir franchi le Vieux Kwaremont ainsi que le Paterberg, c’est Peter Sagan (Tinkoff) qui s’est imposé en solitaire à Oudernarde après s’être débarrassé de Fabian Cancellara (Trek Factory Racing) et Sep Vanmarcke (LottoNL-Jumbo) à la pédale. C’est le premier « Monument » pour Sagan, enfin.
Après une première heure de course très rapide (plus de 46 km/h de moyenne) et de multiples attaques, six coureurs sont parvenus à prendre les devants : Imanol Erviti (Movistar), Hugo Houle (AG2R La Mondiale), Wesley Kreder (Roompot), Lukas Postlberger (Bora-Argon18), Gijs Van Hoecke (Topsport) et Federico Zurlo (Lampre). Kenny Dehaes (Wanty), un moment en chasse-patate, est finalement rentré dans le rang.
La tension dans le peloton a rapidement grimpé et de nombreuses chutes sont intervenues. L’une de ces chutes a coûté cher à Arnaud Démare (FDJ), Marcus Burghardt (BMC) et Tiesj Benoot (Lotto Soudal), l’un des outsiders, qui ont abandonné. Quelques kilomètres plus tard, Tony Martin a porté une première estocade dans le Molenberg faisant une première sélection à plus de 110 kilomètres de l’arrivée. Alors que le peloton était en train de temporiser, l’équipe BMC est tombée en nombre. Oss, Quinziato mais aussi et surtout Greg Van Avermaet, l’un des grands favoris du jour, étaient au sol. C’en était fini pour GVA.
La dernière ascension du Paterberg est abordée par Peter Sagan et Sep Vanmarcke. Derrière, Cancellara a fait l’effort pour revenir sur le duo. Le champion du monde s’est isolé en lâchant Vanmarcke dans les plus difficiles pourcentages du Paterberg. Le Suisse et le Belge se sont alors alliés pour tenter de revenir sur Sagan qui était en train de réaliser un numéro en solitaire à l’avant. Mais le duo n’est jamais parvenu à revenir sur le Slovaque qui s’est imposé en solitaire à Oudenaarde.
Tour des Flandres 2016 – Top 20
| Rank | Name | Nat. | Team | Age | Result |
| 1 | Peter SAGAN | SVK | TNK | 26 | 6:10:37 |
| 2 | Fabian CANCELLARA | SUI | TFS | 35 | +25 |
| 3 | Sep VANMARCKE | BEL | TLJ | 28 | +28 |
| 4 | Alexander KRISTOFF | NOR | KAT | 29 | +49 |
| 5 | Luke ROWE | GBR | SKY | 26 | +49 |
| 6 | Dylan VAN BAARLE | NED | CPT | 24 | +49 |
| 7 | Imanol ERVITI | ESP | MOV | 33 | +49 |
| 8 | Zdenek STYBAR | CZE | EQS | 31 | +49 |
| 9 | Dimitri CLAEYS | BEL | WGG | 29 | +49 |
| 10 | Niki TERPSTRA | NED | EQS | 32 | +49 |
| 11 | Lars BOOM | NED | AST | 31 | +49 |
| 12 | Geraint THOMAS | GBR | SKY | 30 | +49 |
| 13 | Stijn VANDENBERGH | BEL | EQS | 32 | +56 |
| 14 | Alexey LUTSENKO | KAZ | AST | 24 | +1:00 |
| 15 | Tom BOONEN | BEL | EQS | 36 | +1:00 |
| 16 | Daniel OSS | ITA | BMC | 29 | +1:02 |
| 17 | Jurgen ROELANDTS | BEL | LTS | 31 | +1:16 |
| 18 | Laurens DE VREESE | BEL | AST | 28 | +1:16 |
| 19 | Jean-Pierre DRUCKER | LUX | BMC | 30 | +1:16 |
| 20 | Scott THWAITES | GBR | BOA | 26 | +1:16 |
